開封したみそは、なるべく空気に触れないようにするとともに、必ず冷蔵保存しましょう。

空気に触れると雑菌が繁殖しやすくなって品質が悪くなり、風味も落ちます。袋詰のみそは、使う都度、袋の中の空気を抜き、袋の口をしっかり止めて空気が入らないようにします。あるいは、密封容器などに移し換えて、表面にラップ材を密着させてから蓋をするのもよいでしょう。容器に移し替えるときは、みその内部に空洞ができないよう、密に詰めます。また、容器入りのみそを買い求めたときも、開封後は表面にラップ材を密着させてから容器の蓋をすると、製造時の品質が保たれます。

保存するときに冷蔵庫に入れるのは、室温で保存すると温度の影響で褐変（色が褐色に変わる反応）が起きやすく、香りや味が損なわれるからです。